Острог основан в 1648 году отрядом русских землепроходцев во главе с сыном боярским Иваном Галкиным. Острог встал на правом берегу реки Баргузин, от которой и получил своё название. От Байкала острог отстоял более чем на 40 километров вверх от устья Баргузина. Острог был четырёхугольный, с двумя проезжими башнями, и двумя церквами внутри – Спасской и Преображенской.

Острог основан в 1648 году отрядом русских землепроходцев во главе с сыном боярским Иваном Галкиным. Острог встал на правом берегу реки Баргузин, от которой и получил своё название. От Байкала острог отстоял более чем на 40 километров вверх от устья Баргузина. Острог был четырёхугольный, с двумя проезжими башнями, и двумя церквами внутри – Спасской и Преображенской. Острог стал военным и административным центром. Уже на следующий год после его основания, из него вышел отряд казаков во главе с Яковом Похабовым в поход, для «приискания новых землиц» и несколько человек на Шилку реку к Лавкаю князцу для приводу к шерти. В 1651 году из Баргузинского острога Афанасию Пашкову ушла отписка с предложением Василия Колесникова основать острог на Иргене озере, куда на промысел рыбный сходятся много неясачных тунгусов. В 1665 году из острога ушли казаки для возведения на реке Селенге Селенгинского острога, что было сделано к 27 сентября. Для обеспечения себя хлебом, вокруг острога предпринимались попытки «хлебного опыту». Так в 1681 году в Баргузинский острог прибыли служилый человек Федор Кондратьев с пашенным крестьянином Андреевым. «Опыты», оказавшиеся удачными, ставили на ячмене и овсе. Со следующего года в остроге поселили около десятка крестьян, которым вменялось заниматься государевой пашней. Однако, учитывая красоту баргузинских соболей, в 1691 г. Сибирский приказ запретил заводить пашню, дабы «лесов под пашню не сбили и не жгли и от того бы де зверь не переводился… А впредь нам ни пахать не велеть». Указ этот был обоснован. Баргузинский острог посылал в Москву особо качественных соболей. Если соболи из других мест шли в столице по 1 – 4 рубля за штуку, то чёрные баргузинские легко достигали цены в 25 рублей за шкурку (сравните: жалование простого казака было 5,5 рублей в год).