О местности рядом с озером Иргень впервые отписал в Енисейск Василий Колесников в 1651 году, и предложил заложить на этом месте острог, поскольку на озере Иргене неясашных тунгусов на рыбный промысел много бывает.
Подтвердили эту информацию и проходившие в том же 1651 году через Иргень три казака Баргузинского острога, шедшие на Великую реку Шилку. Это Яков Софонов, Иван Герасимов и Максим Уразов.
Иргенский острог был основан 24 сентября 1653 года отрядом казаков во главе с сыном боярским Петром Бекетовым. Отряд вышел из Енисейска в июне 1652 года, и за год добрался окрестностей озера.

Острог располагался в трёх сотнях метров от озера на правом берегу реки Хилок на естественном возвышении. Внутри укрепления были возведены «казенный анбар да шесть изб казачьих зимних, с нагороднями. В остроге двое ворот, караульня над воротами. И всякие острожные крепости в остроге и за острогом и надолбы кругом острогу поделаны».
После этого, часть отряда осталась в остроге, а сам Бекетов с большей частью отряда перевалил через Яблоновый хребет и спустился к Ингоде. Наткнувшись на ледяной затор, отряд выстроил «анбар государев да три избы казачьи, а в зимовье и около зимовья велел крепости учинить». Сложив излишние припасы в новом Ингодинском зимовье, и оставив там для охраны часть отряда, Бекетов с остальными служилыми людьми вернулся на Иргень для зимовки. На следующий год Бекетов ушел на Шилку.
В 1655 году, после стычки с тунгусами, Иргенский острог был сожжён.
В 1656 году из Енисейска в Иргенский острог отправился первый Даурский воевода - Афанасий Пашков. Его путешествие в Дауры в красках описано протопопом Аввакумом в его «Житии…». Опальный протопоп шёл в ссылку с отрядом воеводы. Через год, в 1657 году Пашков достиг Иргени, и, по видимому, заново отстроил острог. В 1658 году большая часть этого отряда вернулась в острог.
В 1662 году тунгусскими воинскими людьми были угнаны лошади из-под Иргенского острога. К этому времени острог был настолько ослаблен, что служилые люди не могли ни чему воспрепятствовать. На такое сообщение Сибирский приказ дал распоряжение об отправке в Дауры, под начало воеводы Толбузина из Енисейска, Тобольска и Томска более сотни служилых людей для подкрепления.

После строительства Еравнинского и Телембинского острогов Иргенский острог теряет своё преимущество. Он оказывается в стороне от основных путей к Шилке реке. В это время пути проходят по Селенге, Уде, и, далее, по Чите на Ингоду. Причиной стало обмеление Хилка – основной транспортной магистрали до Иргеня.
В 1683 году в остроге остаются служить только пять казаков.
В 1699 году по окладным книгам видно, что в остроге только два конных и один пеший казак.
К началу XVIII века острог находился в бедственном полуразрушенном состоянии, а в 1708 году он был разобран, а на его месте возведена часовня в честь святых Симеона, Киприана и Иосифа.